カスタマイズプランについての記載がありますが、カスタマイズはどのくらいの内容からカスタマイズになるのでしょうか？

下記、機能一覧で掲載している以外の機能を必要とされる場合です。
例えば、独自の物流システムとの連携などがカスタマイズに含まれます。
https://launchcart.jp/functions/