質問詳細：
配送待ちで「集金済み」というステータスにしたクレカ注文は、実売上となっていますが、注文確定の作業は必須ということですよね？

回答：
実売上となっているものは注文確定済みなのでそのままで大丈夫です。
ちなみに集金済みというのは消込の情報になりますので実際の決済とは無関係になります